Schon lange hatte im Ort der Wunsch nach einem eigenen Gotteshaus bestanden. Bis in das Jahr 1899 reichen die Verhandlungen zurück. Der Baumeister Elsner, ein Badegast aus Berlin, setzte sich sehr für den Bau einer Kirche ein. Es gründete sich ein Kirchenbaukomitee. Ursprünglich war vorgesehen, die Kirche am Strand in der neu entstehenden Villenkolonie zu errichten. Dieser Standort hatte viel Verlockendes insofern, als diese Kirche hoch auf den Dünen die Bäume des Waldes überragt und weithin auf See sichtbar gewesen wäre. Sie sollte für die Gemeinden Karlshagen, Peenemünde und Trassenheide bestimmt sein. Später wurde dieser Gedanke fallengelassen und beschlossen, den Kirchbau mitten ins Dorf an die Hauptstraße zu legen.

Nach langwierigen Verhandlungen war es 1911 so weit, dass mit dem Bau begonnen werden konnte und am 2. Juli 1912 konnte die neue Kirche eingeweiht werden. Erst viel später, in den 30er Jahren erhielt das Dorf einen eigenen Prediger. Zwei Jahre nach ihrer Fertigstellung brach der erste Weltkrieg herein. Auch die Gemeinde Karlshagen musste "Opfer an Gut und Blut" bringen. Eine Glocke musste abgegeben werden. Die Gläubigen gingen gern und eifrig in ihre schöne neue Kirche. Es ist wohl immer und überall so: In Notzeiten sind die Kirchen voll und die Gasthäuser leer in guten Zeiten ist es umgekehrt. Den Opfern des ersten Weltkrieges wurden in der Kirche zwei Gedenktafeln gewidmet, eine für die Gefallenen aus Karlshagen und eine für Trassenheide. Außerdem steht auf dem Kirchplatz ein schlichtes Ehrenmal für sie. Auch die Dorfkirche wurde bei einem Bombenangriff auf die Heeresversuchsanstalt Peenemünde 1943 getroffen und somit Opfer des Bombenterrors im zweiten Weltkrieg. Sie brannte aus, der Turm stürzte ein, und die Glocke sank in die Tiefe. Mit ihr versanken aber nicht Glaube und Liebe. Die Kirche wurde 1952 wieder aufgebaut.